"Intéressé et patient" exactement ce qu'il faut pour coder!
Ce que je vous conseillerais, c'est déjà de tester tous les modules et le thème que vous souhaitez utiliser sur la dernière version de prestashop.
Ensuite, si vous n'avez pas beaucoup de catégories, évitez le clonage et autre mise à jour surtout de la 1.4 vers 1.6, car le saut de version est conséquent. Partez sur une version 1.6 vierge et reconfigurez votre boutique manuellement.
Si vraiment vous avez de nombreuse catégories, l'autre solution serait aussi de passer une version clonée de votre boutique 1.4.8.2 vers 1.6. Ensuite, sur une nouvelle boutique vierge 1.6, importer manuellement les bases de données relatives aux catégories.
Mes solutions vous évite d'avoir à faire une mise a jour 1.4 vers 1.6, cette mise à jour est selon moi trop propice à l'apparition de bugs.
Faites bien vos tests sur la 1.6, modules et theme.