Sí que se puede, si es a lo que te refieres claro.
Entrando en Módulos/Pago, al final de la Página verás una serie de opciones que te permiten limitar el funcionamiento de los distintos modos de pago, según sea por moneda, por grupo de cliente o por países, que creo que es lo que estás buscando.
Si no es así, dilo a ver si podemos encontrar una solución.