Olá CD2500, 
Respondendo a todas as suas perguntas: 
  
1) Esta semana finalizamos a instalação do certificado SSL e estava funcionando OK. Até que hoje fui no administrativo do prestashop, em Preferências > Geral > Ativar SSL, e ativei a opção "Sim". Essa foi a única modificação, a partir daí não consegui mais acesso as páginas do front, apenas a página inicial. 
  
2) O meu ficheiro .htaccess está com CHMOD 644, (precisa ser 666 ou 777?), e a última alteração feita nele foi realmente hoje, as 15:42, quando eu ativei o SSL.  3) O servidor é Apache e a plataforma é Linux. 
  
Att 
  
(Obrigado pela rapidez na resposta)