He conseguido parcheando el blocklayered.php que se muestre siempre.
En la función getfilterblock he cambiado la linea
if ($id_parent == $home_category)
return
por
if ($id_parent == $home_category)
$id_parent = 10735 (que es el id de mi categoria principal)
Luego he ido a Modulos->posiciones y te vas al displayleftcolum y he puesto excepciones en donde no quería que apareciera el módulo.
También he modificado el manufacturer-list.php y en lugar de hacer click en el nombre del fabricante y que muestre sus productos he puesto que se redirija a la categoria principal pasándo como parámetro el nombre del fabricante. El enlace queda así:
<a href="{$link->getCategoryLink(10735, $manufacturer.link_rewrite)|escape:'htmlall':'UTF-8'}#fabricante-{str_replace('__', '_', str_replace(' ', '_', str_replace('&', '', str_replace('"', '"', stripslashes(strtolower(str_replace('\'', '\\\'', $manufacturer.name)))))))}">{/if}
{$manufacturer.name|truncate:60:'...'|escape:'htmlall':'UTF-8'}
{if $manufacturer.nb_products > 0}</a>
Recordad que el 10735 es mi categoría principal. Debeis cambiarla por vuestra categoría principal, que no es la categoría padre. En mi caso como primera categoría he creado una que se llama Todas, y el resto de categorias son hijas de esta, así prestashop tiene su categoría padre y yo la mía. Y así consigo que no se líen y puedo cambiar lo que quiera.
Espero que os sirva de ayuda para poder trabajar con este módulo, que aunque es bueno, tiene sus limitaciones.