Det lyder mest af alt til, at du uploader til det forkerte sted, når du bruger FTP. Kan vi se nogle skærmdumps?
Det med at ændringer ikke gemmes, har igennem mange versioner ofte været et problem for specielt mails og PDF, hvor shoppen overskriver eller sletter alt. Det er meget muligt, at det er årsagen i din shop. Nu er det også en ældre version helt fra 2015, og du skriver ikke, om du førhen har kunne rette på de måder du forsøger nu? Har du overvejet en opgradering til 1.6.1.23? Der er trods alt rettet en del bugs siden din version.
Lige en tilføjelse, hvilken PHP version bruger din shop? Det kan du se under Avancerede parametre - Konfigurationsinformation.