Lo acabo de poder solucionar, por si puede ayudar a alguien el problema era que no habia puesto dentro de Parametros de Tienda----- Contacto---- Tiendas; Tienes que añadir una tienda y poner todos los datos de ubicacion, codigo postal, etc....
Con eso consigues que el impuesto se vea reflejado en la Web ya que entiendo que el codigo detecta esos datos y pone el impuesto correspondiente para los clientes que todavia no se han logueado, no se si me explico.
Gracias a Zitarka por responder.