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pues ya lo veo ya..... menuda putada para el ERP.
por si os sirve de algo, he consultado de nuevo la Ley 37/1992, del IVA + Reglamento de facturación (RD 1619/2012) + reglamento de verifactu, y os confirmo que les trae sin cuidado como llegas  a la base imponible, ellos miran los totales que hay expresados al final de la factura, nada más, como si tus cálculos internos tienen errores, les faltan dígitos, o quieres meter una linea que corrija tus descuadres, o lo que sea, les da igual... lo único que la AEAT especifica es que la base imponible FINAL (agrupada por cada tipo de iva) tenga 2 decimales visibles y el cálculo del iva y el total que vienen a continuación se haga a partir de esa base con dos decimales ignorando todos los demás. por lo tanto verifactu no cambia nada en ese sentido.