Hola @davidescudero.com,
gracias por tu respuesta.
Está claro que el tema de la seguridad es muy importante. No había mirado en detalle este tema, pero el certificado necesario para firmar las facturas parece ser efectivamente un certificado estándar emitido por la FNMT y no es posible "autorizar/limitar el uso" de certificados emitidos por la FNMT solo para ciertas cosas por lo que el peligro si alguien consigue acceder a tu clave privada está ahí.
Una duda: en el caso de usar un servicio de suscripción, entiendo que el intermediario firma las facturas con su propio certificado "de intermediario", el intermediario está registrado de algún modo con Hacienda para actuar en tu nombre pero sin tener que usar tu certificado/clave privada, ¿correcto?
Saludos