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Voici un exemple avec un ficher delp.php à déposer à la racine de votre Presta.

<?php
include dirname(__FILE__).'/config/config.inc.php';

ini_set('display_errors', 'on');
error_reporting(E_ALL);

$sql = 'SELECT id_product FROM ' . _DB_PREFIX_ . 'product WHERE reference LIKE "%custom%"';
$product_ids = Db::getInstance()->executeS($sql);

if (!empty($product_ids)) {
  foreach ($product_ids as $product) {
    $p = new Product($product['id_product']);
    $p->delete();
    unset($p);
  }
}

Attention cependant à la requête "floue" les produit dont la référence serait customin, customize... seront aussi pris en compte. 😉

Supprimez bien le fichier après !