Hola, aunque está en inglés en este hilo empiezo con una pregunta, pero acabo preguntando lo mismo que tú.
Al final lo solucioné gracias a el miembro elburgl69. Pregunté en varios hilos en español y en inglés y fue el único que me lo solucionó. Y la modificación es grátis.
Cuando importo mis CSV se añaden las cantidades nuevas a las existentes. Importante: las combinaciones han de tener cada una su referencia (no la referencia del producto, si no la de la combinación), y esta ha de ser única.