Bonjour,
Votre problème peut être résolu par ce module Commande avec Transporteurs / Livraisons Multiples (lien sur PrestaShop add-ons).
Il est aussi vendu sur le site du module Module PrestaShop - Commande avec Transporteurs / Livraisons Multiples | Smart Unicorn (prix réduit).
J'espère que cela pourra vous aider.
Bonne continuation.