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Hola Canet.
El problema que tienes ahora es lo mismo que me paso cuando empece a usar PrestaShop.
Por alguna razon, aunque lo configures dentro del pais con una tasa especifica para ese territorio, te sigue dando error, ya sea que se apliquen a esos territorios el 21% o para todas las comunidades autonomas el 0% (el precio base es lo mismo precio con impuestos). Supongo que es un bug de prestashop.
La solucion mas facil: Para esos territorios, te creas un nuevo pais: Islas Canarias (España) y metes las comunidades autonomas correspondientes dentro de ella, lo mismo para Ceuta y Melilla (España) con tasa 0%.