¿Cómo estás aplicando los gastos gratuitos, con una regla de descuento? Si es así, normalmente aparecerá el importe del envío y luego el cupón que descuenta esos gastos.
Si configuras el importe mínimo para envío gratis en las preferencias de transporte o dentro de las reglas de los transportistas, luego aparecerá en la factura como gratuito, sin detallar el importe: