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La situación de los archivos en el servidor depende de cómo esté organizado éste. Los archivos de Prestashop deben ir en la raíz de la carpeta establecida para el html. Luego, durante la instalación se crean varias carpetas a partir de esa donde van los distintos archivos.
La cuestión es saber cuál es la carpeta raíz del html desde el FTP. Depende de cuál sea el directorio asignado a tu usuario, puede que nada más conectar estés entrando directamente a ella. En otros hostings, se trata de una carpeta que se suele llamar www, o public_html.