Si los productos tienen muchas combinaciones, puede que el número de campos input que se cargan al editar las combinaciones de los productos superen el número máximo de valores input establecidos en los parámetros de PHP.
Si es el caso (tener muchas combinaciones para cada producto), bastaría con cambiar el valor del parámetro "max_input_vars" y establecerlo en un número elevador (por ejemplo, 10000, como ha puesto @nelson beomon está bien). Esto lo puedes hacer en el archivo php.ini, user.ini, o más fácil aún en la configuración de parámetros PHP del panel de gestión del hosting, si tiene establecido dónde modificar ese valor: