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La funcionalidad de tener varios almacenes estaba presente en la versión 1.6 de Prestashop, pero creo que en la versión 1.7 ha desaparecido.
Una forma en la que puedes hacer lo que quieres es crear varios transportistas, y asignar a cada producto el que desees (desde la pestaña "transporte"). Los transportistas pueden tener distintas tarifas para cada zona.
Otra forma es crear varios proveedores, uno para cada almacén, y en la pestaña "opciones" de cada producto irlos asignando al proveedor correspondiente. Después, desde Catálogo -> Descuentos -> Reglas de precios del catálogo, puedes asignar un incremento a decremento a los precios dependiendo del proveedor que tengan asignado.
Otra forma es activar la multitienda (parámetros de l tienda -> configuración), aunque no estoy seguro de que eso te sirva exactamente para lo que comentas.
Y, finalmente, quizás la opción más sensata sea recurrir a un módulo. No te puedo recomendar ninguno, porque nunca he utilizado ninguno para eso, pero si buscas en la tienda de módulos probablemente haya alguna disponible para crear almacenes en la versión 1.7 de PS.