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Si te aparecen productos como duplicados deberías revisar las etiquetas "canonical" en estos productos. Lo que te ocurre no tiene que ver con los bloques de la página de inicio. Las páginas duplicadas en Google es cuando a una misma página se puede acceder con 2 o más urls diferentes. La forma de evitar esto es que esas páginas contengan una etiqueta canonical que le diga al motor de Google cuál es la URL preferida.
La mayoría de los temas PrestaShop ya tienen eso correctamente implementado, pero si no es el caso en el que usas puedes editar las plantillas para incluirlo o usar un módulo para SEO, que suelen traer esta funcionalidad.