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Sua loja vai ficar na raiz do site? Tipo a pessoa já vai acessar: www.sualoja.com.br? Se sim, vc vai jogar os 3 arquivos na pasta public_html. 

A pasta public_html é quem guarda o seu domínio, quando as pessoas acessam seu domínio está chamando o que tem dentro desta pasta.

Vc precisa ter o banco de dados( vc também terá que criar manualmente) geralmente as hospedagem disponibilizam tutoriais de como criar) quando for instalar a loja, pq em uma das páginas de instalação ele pede pra vc os dados pra conectar com o banco.