Yo no soy experto en SEO, pero cuando he recibido una auditoría de alguna página normalmente lo que te piden es justo lo contrario, que se indexe solamente una combinación por producto, bien la combinación por defecto, o mejor aún la "canonical", que es la URL del producto sin combinación. Y precisamente eso es lo que suelen hacer los módulos generadores de archivos sitemap, así que entiendo que lo correcto es eso.
Ten en cuenta que un sitemap no es un feed de productos. En los feeds de productos, que se generan para incluir tus productos en los marketplaces, sí que se pueden incluir las combinaciones de productos. En el sitemap, que es para que los buscadores creen un mapa de tu sitio, no. Porque ahí no estás indexando productos sino páginas, y para un producto variable sólo existe una página, aunque el producto tenga 20 posibles variaciones.