Hola, nosotros solucionamos este error la semana pasada.
Para solucionarlo tienes que buscar la siguiente linea en el archivo paypal.php aproximadamente linea 395
'shipping' => number_format(Tools::convertPrice(($params['cart']->getOrderShippingCost() + $params['cart']->getOrderTotal(true, 6)), $currency), 2, '.', ''),
y reemplazarlo por
'shipping' => number_format(Tools::convertPrice(($params['cart']->getOrderShippingCost($params['cart']->id_carrier, false) + $params['cart']->getOrderTotal(true, 6)), $currency), 2, '.', ''),
De esta forma le indicamos el transportista que hay seleccionado, como no se le pasaba nada elegía el que había seleccionado por defecto.
Saludos.