j'ai un peu avancé donc je me réponds à moi même si d'autres cherche à faire la même chose!
Il faut retirer dans la balise <a></a> la class "thickbox" et ajouter onclick="return false;" ce qui donne:
<a href="{$link->getImageLink($product->link_rewrite, $imageIds, 'thickbox')}" rel="other-views" class="{if (isset($image.cover) AND $image.cover == 1) OR (!isset($image.cover) AND $smarty.foreach.thumbnails.first)}shown{/if}" title="{$image.legend|htmlspecialchars}" onclick="return false;">
<img id="thumb_{$image.id_image}" src="{$link->getImageLink($product->link_rewrite, $imageIds, 'medium')}" alt="{$image.legend|htmlspecialchars}" height="{$mediumSize.height}" width="{$mediumSize.width}" />
</a>
Seul soucis qui persiste sur iphone qd on "clique" sur une miniature ça l'ouvre sur une autre page, normal vu que la grande image apparaît toujours au survol et non au clique sur la miniature pour l'afficher (système D en attendant de trouver mieux)