Доброе утро!
>Вообще, в принципе, я не вижу ни одной причины, по которой стоит пользоваться Apache вместо nginx))))
Касательно престы плюсы Апача только в работе из коробки, все модули вносят то что им надо в .htaccess
3. Как настраивали Ngnix, по инструкции ( http://prestashop24....estashop-1-6-x/ ) ? Установлен ли у вас Advansed Search4 ?