Ciao, quando usi 1click upgrade ci sono diverse opzioni di aggiornamento, tra cui quella di importare manualmente il file di aggiornamento, ovvero dovresti scaricare prestashop 1.6.1 e dare il percorso a 1-click upgrade.
Inoltre comunque ti consiglio di settare correttamente bene i permessi, altrimenti potresti avere altri errori oltre a quello di aggiornamento. ti ricordo che le cartelle devono essere settate a 755 e i file a 644, con filezilla puoi fare l'operazione massivamente.
Roberto