Ciao, il tuo problema credo sia uno di quelli più comuni quando si ha a che fare con molti prodotti.
La soluzione migliore sarebbe un software come hai detto, ma se vuoi puoi provare con l'import di file .CSV che puoi richiedere al tuo fornitore, oppure puoi creare tu ad-hoc importandoli in PrestaShop.
Spero di esserti stato di aiuto.