Hola.
Esto puede ser que soluciona vuestro problema. Por favor informar sobre vuestra experiencia.
http://forge.prestashop.com/browse/PSCSX-7630
También yo llevo dándole vueltas a esto hace días a este tema. Y uso la 1.6.1.5 que en este momento es la actual.
Tenia varias facturas que en el computo del IVA tenían una diferencia de un céntimo. En mi caso no es por la suma de varios productos, pienso que esto esta corregido.
Mi problema era que prestashop hace el el redondeo de los "producto", "desquentos" y Transporte" primero y después suma.
Un ejemplo
Con IVA - Sin IVA - Red. antes
Productos 528,00€ 436,363636 436,36
Descuento -32,00€ -26,446281 -26,45
Suma 496,00€ 409,917355 409,91
Redondeo 496,00€ 409,92 €
Diferencia 0,01 €