(SOLUCIONADO) El problema esta en el gestor de subida de imagenes del backoffice, al parecer pongas el formato que pongas convierte las imagenes a JPG tanto para el logo como para los productos, e modificado el codigo en Header.tpl linea 49 y ya me aparece mi imagen png transparente. una cuestion, podria modificar en algun sitio para que en vez de llamar al logo.jpg llame a logo.png siempre?, sino tendre que ir cambiando en cada zona del codigo que llame al logo.png? :S gracias y un saludo