Se pueden registrar tantos ficheros sean necesarios para tu negocio. Este tema es delicado aunque parezca fácil. En principio registrar los ficheros es gratuito, pero también hay que hacer un documento de seguridad adaptado a tus necesidades, poner el aviso Lopd en los documentos que uses o formularios de recogida de datos. En el caso de las tiendas on line como el cliente no está delante para dar su consentimiento para que le recojas los datos, deberías tener un check que no permita el registro de datos de los clientes si no aceptan la política de privacidad (como te indicaba en el post de más arriba). Todo esto entre otras cosas, como contratos con terceros, etc, etc, yo creo que al final vale la pena pagar unos 200 euros o así que cobran algunas empresas serias.... hay muchas, en adaptar la empresa a la LOPD , si encima tienes tienda física aun más todavía pues por el precio de 1 tienes las dos adaptadas (La física y la online).
Otra cosa, para la presentación rápida (internet) tienes que tener firma electrónica o dni electrónico (en una semana se contestan), si no te toca usar lo metodos de toda la vida, fax, correos y esperar ...