Está claro que eso es la opción más rápida si tienes la última versión de la tienda, pero si has pasado por versiones anteriores, como mi caso y el de alguno más, al actualizar aunque te sale la opción que comentas, en los emails no se habían actualizado, por lo que aunque cambiaras el color en la opción de los emails se enviaban con el color que tenías por defecto, no había variable ni nada, de ahí viene todo o casi todo el meollo de este post .
Saludos!