Me respondo a mi mismo.
En el fichero /controllers/admin/AdminTranslationsController.php aproximadamente en la linea 974 (funcion findAndWriteTranslationsIntoFile) no comprueba que la cadena no esté vacía.
En el controlador de la versión 1.6.0.11 aparece este código para guardar las traducciones:
if (array_key_exists($post_key, $_POST) && !in_array($pattern, $array_check_duplicate))
{
$array_check_duplicate[] = $pattern;
$str_write .= '$_MODULE['.$pattern.'] = \''.pSQL(str_replace(array("\r\n", "\r", "\n"), ' ', $_POST[$post_key])).'\';'."\n";
$this->total_expression++;
}
Mientras que si la comparamos con versiones anteriores:
if (array_key_exists($post_key, $_POST) && !empty($_POST[$post_key]) && !in_array($pattern, $array_check_duplicate))
{
$array_check_duplicate[] = $pattern;
$str_write .= '$_MODULE['.$pattern.'] = \''.pSQL(str_replace(array("\r\n", "\r", "\n"), ' ', $_POST[$post_key])).'\';'."\n";
$this->total_expression++;
}
La clave está en la condición marcada !empty($_POST[$post_key])
Añadiendo esta condición se arregla.