Ostras! Me dejas de piedra, que mal te han asesorado, no?
Prestashop, sin ningun modulo adicional, si que puede hacer 1.000 combinaciones. Te dire que depende mucho del servidor. Nosotros hace poco nos hemos cambiado de servidor, en el anterior servidor al generar mas de 1000 combinaciones, sin ningun tipo de modulo, el backoffice se colgaba. Por esa razon instalamos el modulo que te he comentado. Para mi sorpresa, al cambiar de servidor, deja generar esas 1.000 combinaciones sin modulo, desde la ficha de producto, y no se queda colgado. Ahora acabo de hacer una prueba, generar desde la ficha de producto => combinaciones 1.400 combinaciones, y se genera el producto tardando 40sgs. Con el modulo lo hace en 7sgs. A tener en cuenta que yo uso atributos de imagenes, que quizas sea mas pesado que solo atributo de texto.
Bueno, espero que encuentres una solucion, salud!