Unter den Statistiken "Verkäufe und Bestellungen" kann man ja bereits nach Ländern filtern. Ich denke, ein Händler kennt seine Haupt EU Länder, die er dann auswählen muss, so bekommt man recht schnell einen Überblick, ob man "Gefahr" läuft "zu viel" zu exportieren oder nicht. Wenn das nicht ausreicht, dann exportiert man sich eben die Bestellungen für einen Zeitraum mit Bordmitteln und filter danach.
Wenn man den neuen Anforderungen gerecht werden will, würde ich unter den Steuerregeln, für z.B. die MwSt. die Ländersteuersätze anpassen.
Sobald ein Kunde seine Versandadresse eingibt, sieht er dann ggf. die neuen Bruttopreise für sich.
Sollte man das mit einem Geolocation Modul flankieren?