Pour ma part le problème a été résolu, voici d'où ça venait : Dans le back-office de la banque, à l'endroit où était renseignée l'url de retour après paiement ("url de retour de la boutique" ou "url de notification à la fin de du paiement", je ne sais plus), j'avais mis l'url en https://www.site.fr, alors que mon site n'a pas les www (c'est juste https://site.fr). Du coup comme le retour sur le site ne se faisait pas après le paiement, les commandes n'était pas validées. Après correction de l'url, je suis allée sur les transactions bancaires et j'ai cliqué pour chaque transaction sur "Exécuter l'url de notification" et ça a validé toutes les commandes passées qui avaient été payées mais pas validées.