Buenas,
Yo lo que he hecho ha sido crearme un override del ganalytics.php, creando la carpeta ganalytics en override/modules y metiendo dentro ganalytics.php sobreescribiendo solo la función _getGoogleAnalyticsTag y poniendo que devuelva:
<script> (function(i,s,o,g,r,a,m){i[\'GoogleAnalyticsObject\']=r;i[r]=i[r]||function(){ (i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o), m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m) })(window,document,\'script\',\'//www.google-analytics.com/analytics.js\',\'ga\'); ga(\'create\', \''.Tools::safeOutput(Configuration::get('GA_ACCOUNT_ID')).'\', \'auto\'); ga(\'send\', \'pageview\'); </script>
así para lo que yo lo necesito funciona.
Saludos!!