[1.2.0.8 => 1.2.5] Modifications effectuées lors d'une mise à jour ?

[semor]

Je suis en train de migrer mes 3 boutiques sur un nouveau serveur dédié.
Ma question est assez simple, est-ce que la mise à jour effectue des modifications sur la base de données, ou la mise à jour se passe uniquement des fichiers du site?
En effet j'ai commencé à transférer une boutique mais j'ai aussi apporter des modif au niveau thèmes, modules...etc... et je souhaiterai savoir si cela poserai problème.