Multitienda en dominio y directorio, del tipo www.dominio.com/tienda

[marcial]

Muy buenas a todos. Me gustaría plantearos un problema que nos está ocurriendo con una multitienda. A ver si soy capaz de explicarlo bien: Hemos creado la multitienda en un dominio, pero con un subdirectorio, del tipo www.dominio.com/tienda. Está tienda funciona perfectamente pero cuando hacemos una multitienda, por ejemplo en www.otratienda.com y le ponemos como un alias del dominio www.dominio.com pues lógicamente no funciona ya que no se pueden poner alias en dominios con subdirectorios... lo que hace es redirigir simplemente al dominio principal www.dominio.com. ¿veis una solución?