Aparición de caracteres "raros" al migrar Prestashop de servidor

[egdinamicsweb]

Hola a todos, 

Al realizar la migración de servidor el Prestashop de un cliente , nos ha pasado que se han generado carácteres aleatorios , en diferentes archivos, que hacían que no funcionase el site. A base de ir mirando el archivo de logs de errores , he podido ir eliminando estos carácteres y conseguir que funcione correctamente. Pero solamente a través de consola. Por FTP con Filezilla volvía a aparecer el caracter. 

¿A alguien le ha pasado esto alguna vez y de qué manera hay  que proceder para evitar esta situación en el futuro?

Gracias