Ok donc a priori la bdd n'est pas limitée, donc ça ne viendrait pas de ça.
Je ne suis vraiment pas spécialiste, et je ne suis pas certain de la méthode à utiliser pour vérifier, mais je me demande si ce ne serait pas des requêtes trop longues qui causeraient ce souci. Tu as moyen d'augmenter le max_execution_time (dans ta config il est à 180) ?