Hola!
Finalmente he encontrado la solución a mi problema. El error se daba en el redondeo de las cantidades de dinero. Según he leido prestashop hace este redondeo con la cantidad total del pedido mientras que paypal lo hace producto a producto (línea a línea) ... al final cuando se paga con paypal la tienda comprueba lo que se ha pagado con lo que vale el pedido y al no cuadrarle, le aparece el error.
He usado esto para solucionarlo, espero que os sirva.
https://prestamarketing.com/blog/bug-arreglado-pedidos-pagados-paypal-dan-error-pedido-prestashop/