mas isso é para quem factura serviços e consegue fugir a facturar muita coisa…
se tiver um negocio a vender artigos e só facturar 10000€ reais num ano então é melhor fechar a porta e ir trabalhar para uma empresa a não ser que tenha uma margem de lucro brutal em que dos 10000€ vendidos o lucro tenha sido de 8000 a 9000€ e o custo da mercadoria tenha sido só 1000 a 2000 € o que mesmo assim daria um ordenado mensal na volta dos 600€ o que é muito pouco mesmo para quem ainda tem de pagar as despesas inerentes ao funcionamento da sua actividade comercial 
no meu caso vou facturar peças de automóveis , que se insere num mercado extremamente competitivo e com margens de lucro apertadas. Aqui não á qualquer possibilidade de fuga e é tudo facturado como manda a lei e senão facturar pelo menos 10000€ por semestre o negócio não vai compensar.
o contabilista vai ser sempre necessário… aliás eu já pago a um desde 1998 …. e papelada é com ele que é para isso que recebem uma avença mensal.
no caso dos empresários que não atingem os 10000€ anuais é como você diz 
fica o aviso… facturem tudo o que é mercadoria como manda a lei porque agora muito do cruzamento de informações já é feito informaticamente e cada vez estão mais perfeitos pelo que facilmente vos apanham na curva. Não se esqueçam que eles podem inspeccionar até 10 anos atrás e daqui a 10 anos eu duvido muito que as coisas não estejam ainda muito mais controladas.