Hola,
Cuando un Cliente compra siempre debería descontarse de "Cantidades disponibles para la Venta", que es lo que un clientes vé cuando entra a comprar a la tienda, esto independientemente de si tenés o no activada la gestión avanzada de inventario. De no ser Así diría que hay algún módulo corrupto, la solución bruta pero solución al fin: reinstalar, o si te animás a sustituir la "pieza" dañada.
Si lo que te pasa es que no se descuenta del inventario físico (existencias), fijate que además de activar la gestión avanzada
hay una opción para que los maneje automáticamente o en forma manual.
Espero que haberte ayudado en algo
Miguel