Gracias por la ayuda! he encontrado lo que me indicas pero no ha reflejado ningún efecto. No me ha cambiado el numero de factura, ni el nombre del archivo, pero gracias a tu comentario he buscado el patron %06d y la variable PS_INVOICE_PREFIX y he dado con lo siguiente:
/classes/order/OrderHistory.php
415: $file_attachement['name'] = Configuration::get('PS_INVOICE_PREFIX', (int)$order->id_lang, null, $order->id_shop).sprintf('%06d', $order->invoice_number).'.pdf';
/classes/order/OrderInvoice.php
684: return '#'.Configuration::get('PS_INVOICE_PREFIX', $id_lang, null, $id_shop).sprintf('%06d', $this->number);
/classes/pdf/HTMLTemplateInvoice.php
45: $this->title = HTMLTemplateInvoice::l('Invoice ').' #'.Configuration::get('PS_INVOICE_PREFIX', $id_lang, null, (int)$this->order->id_shop).sprintf('%06d', $order_invoice->number);
142: return Configuration::get('PS_INVOICE_PREFIX', Context::getContext()->language->id, null, $this->order->id_shop).sprintf('%06d', $this->order_invoice->number).'.pdf';
/classes/PaymentModule.php
785: $file_attachement['name'] = Configuration::get('PS_INVOICE_PREFIX', (int)$order->id_lang, null, $order->id_shop).sprintf('%06d', $order->invoice_number).'.pdf';
Ahora los numeros de factura y el nombre del archivo es correcto muestra el número de dígitos que necesitamos. Entiendo que esto limitará nuestras facturas a 999 pero no necesitamos más, cuando hagamos el cambio de año y comencemos con la nueva numeración lo restableceré.
Muchas gracas por la ayuda.
Un saludo.