Puedes instalar varias instancias, siempre y cuando tengas claro que cada instalación de prestashop debe ir en una carpeta diferente y que cada una de las instslaciones debe tener su propia base de datos (de la forma qyue tu lo quieres hacer)
Puede que tengas alguna limitación por parte de recirsos de tu servidor, que no tenga suficiente potencia, pero no debería darte ningún problema tener almenos 2...
Esa que se te queda bloqueada, prueba a hacer instalación desde cero a ver...