Me respondo yo mismo:
Los filtros solo aplican a las paginas del core. No aplica a la entidad "supplier" ni "manufacturer". Para deshabilitarlas, habría que modificar el fichero gsitemap.php para incluir esos valores en la lista de checkbox y luego filtrarlos en el bucle de la funcion crateSitemap de la forma siguiente:
if (($type == '' || $type == $type_val) && ((!in_array($type_val, explode(',', Configuration::get('GSITEMAP_DISABLE_LINKS'))))))
Otra opción, aunque mucho menos elegante, sería restringir el array de tipos de la misma función:
$type_array = array('home', 'meta', 'product', 'category','cms');
Un saludo